首先表现在基本建设失控，助长了投资规模的过度膨胀，容易引发经济“过热”，严重影响和阻碍了社会主义的经济发展。造成了建设项目有计划无资金，施工企业工程拨款无保障。应收拖欠工程款的数额越来越大，企业不堪负重。一些集体企业、民营企业，特别是房地产公司，也在资金欠缺的情况下“先盖房，再还钱”，盲目地以垫资施工为条件搞基本建设或房产开发。

其实质是挤占了国有企业的资金。这样的企业很容易成为拖欠工程款的单位，造成清理垫资拖欠款越清越多，难度越来越大。垫资施工不仅扰乱了企业生产经营的正常运行，也损害了企业的根本利益。垫资施工使建设单位的资金缺口直接转嫁到了施工企业，其结果是施工企业资金周转困难，财务费用加大，收益明显减少。施工单位在资金紧缺的情况下，大多是以拖欠职工的工资及费用或以银行贷款来填补，导致施工企业拖欠银行贷款及国家税金的情况时有发生，从而进一步引发社会不安定因素和社会治安案件，造成经营秩序的紊乱和经济纠纷等不稳定因素的发生。在工程竣工结算后，有些建设单位在无力支付拖欠工程款的情况下，大多以建成的房屋、车辆等实物交付施工企业抵偿所欠的债务。以物抵账后对垫资施工企业来讲，账面上表现出的是收支平衡，但实际上这些实物往往是以高于实际价值抵回，在变现后达不到垫资的数额，盈利是虚，亏损是实，其结果是企业的资产在无形中流失。

个别建设单位由于经营不善、债务人死亡、企业破产等原因，既无资金也无实物，无力偿还垫资，工程欠款久拖不结，使垫资施工的企业出现了坏账、呆账。对一些国有大型建设集团来讲，数年垫资施工积累下来形成了巨额应收款项，企业呆账、死账的风险日益加大，给企业、国家造成巨大的经济损失，削弱了施工企业的实力，也大大降低了与国外同行的竞争力。一些实力薄弱的企业已经陷入了困境。因此，垫资施工，实物抵账的危害是巨大的。这绝不单纯是资金流转的问题，既影响了企业的正常经营管理，也危及到了企业的生存和发展。

政府方面监管不力。由于有关政府部门对建设项目的投资监管不力，使得建设项目巨大的资金缺口和工程款无法支付的风险通过垫资施工的方式由建设单位转嫁给了施工单位。此外，工程所在地政府出于地方保护的原因会干扰和阻挠承包方索要工程款，这便使得施工单位很难通过在工程所在地进行仲裁或诉讼获取工程款(包括垫资款)。

建设单位本身的支付能力及商业风险。建设开发单位用于项目建设的资金通常大部分来自银行贷款和在建房地产项目的预售所得的房款。但如果建设单位将贷款及售房款等挪作他用，或者遭遇房地产项目无法顺利预售和销售的商业风险时，施工单位在建项目的工程款便无从落实。