高级人民法院核准死刑缓期二年执行的案件，应当由审判员3人组成合议庭。合议庭在审查时应当提审被告人。根据刑事诉讼法以及最高人民法院《解释》的规定，高级人民法院核准死刑缓期二年执行的案件，应当按照下列情形分别办理：

1、中级人民法院判处死刑缓期二年执行的第一审案件，被告人不上诉、人民检察院不抗诉的，在上诉、抗诉期满后，报请高级人民法院核准。

高级人民法院对于报请核准的死刑缓期二年执行的案件，经审查后，按照下列情形分别处理：

(1)同意判处死刑缓期二年执行的，作出予以核准的裁定。

(2)如果认为原判事实不清，证据不足，应当裁定发回原中级人民法院重新审判。对于发回中级人民法院重新审判的案件，重新审判所作出的判决、裁定，被告人可以上诉，检察院可以抗诉。

(3)认为原判过重，不同意判处死刑缓期二年执行的，可以直接改判。

高级人民法院核准判处死刑缓期二年执行案件，只能作出核准或者不核准的决定，不能加重被告人的刑罚。即高级人民法院对死刑缓期二年执行案件的改判，只能减轻原判刑罚，而不能改判为死刑立即执行，也不得以提高审级等方式加重被告人的刑罚。

2、中级人民法院判处死刑缓期二年执行的第一审案件，被告人上诉或者人民检察院抗诉的，由高级人民法院进行二审。

高级人民法院二审后，按照不同情形分别处理：

(1)同意判处死刑缓期二年执行的，作出维持原判的裁定。此裁定立即生效，无需再经过核准程序；

(2)原判认定的事实不清或者证据不足的，用裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判；

(3)原判决认定事实正确，但适用法律有错误或者量刑不当，不需要判处死刑缓期二年执行的，应当用判决直接改判；认为应当判处死刑立即执行的，应当区别对待。其中，如果属于人民检察院提出抗诉而由高级人民法院按照第二审程序审判，并依法改判死刑的案件，无论该类案件是否属于经过最高人民法院授权高级人民法院核准死刑的范围，都应当报请最高人民法院核准；如果只有被告人上诉的案件，高级人民法院必须遵从“上诉不加刑”的原则，不得直接改判死刑立即执行。

3、高级人民法院第一审判处死刑缓期二年执行的案件，被告人不上诉、人民检察院不抗诉的，在上诉、抗诉期满后判决即发生法律效力。